本院為持續引領國家學術發展,培育高階研究人才與政府新創產業政策以厚實國力,自101年開始呈請總統府函請行政院評估本院南部院區設置事宜,擇定以專案方式取得臺南高鐵特定區(7.3公頃)設置南部院區。
南部院區將以農業生技、循環永續、臺灣文史為研究方向,後續以分階段開發方式進行。第一階段工程含研究大樓I、溫室及全區公共工程,已於109年9月竣工後進駐營運;第二階段工程含研究大樓II及綜合大樓,已於112年竣工,目前為關鍵議題研究中心/人文專題等研究及行政團隊陸續進駐。
南院服務處於113年2月1日成立,為院本部轄管之行政管理單位,掌理南部院區之發展規劃、營運維護及行政服務業務,與院本部之各項事務協調及聯繫;對外代表南部院區,作為與中央及地方單位連絡之窗口。