南院服務處負責南院公共設施、機電設備之管理維護，環境景觀之清潔、綠化美化、學人會館
之營運管理以及環安衛業務、停車場及車輛管理、營建工程、採購出納等業務。
處長由本院總務處處長代理，置專門委員一名，目前由總務處簡任技正張貽翔代理。
南院服務處下設行政企劃科、營運管理科等兩科。
業務職掌如下：
行政企劃科
- 公共事務及活動之規劃，對外公共關係及服務之安排等事項。
- 生活服務設施(包含住宿、餐飲、商店等)之規劃及服務等事項。
- 研究、辦公、會議、人文及社會研究基地暨圖書檔案室等公共空間及設施之管理及維護(包含清潔與保全)事項。
- 院區營運之經費出納、預算及會計、檔案管理、公文收發、人事管理、財產、物品等行政管理事項。
- 院區職業安全衛生業務、實驗室管理、事業廢棄物處理等管理事項。
營運管理科
- 院區建築、景觀環境之規劃、設計、修繕與維護等事項。
- 院區廳舍之消防、機電空調、能源管理等管理及維護事項。
- 院區資訊網路系統、異地備援之相關設備管理及維護。
- 採購、消防及天然災害等相關業務